使用网上考试系统进行考试之时，首先就要在防作弊上有所注意，如果是在这方面没有做到，整个考试的价值就会降低，因为现在的这种系统也并不是只有一家，不同的系统之下，也就会有防作弊上的差异，首先是在防作弊的方法上有所差异，有些系统是通过锁屏来达到防作弊的目的，也就是说在考试过程中，整个电脑的其他页面难以操作，只有考卷的界面，这样也就能对考生有一定的防作弊作用，因为至少不会在网上搜索着答案来进行答题了。
再有一种差异是通过网上考试系统对ip进行监控，因为在考生使用这种系统之时，整个电脑的所有操作都是在系统的监控之下进行的，和前面一种方法相比，虽然这种方法看似有些多余，但是有很多培训类型的考题，是通过学生对电脑的搜索，从而判断出考生的素质及知识范围，因为当考生对一些知识进行搜索之时，也就证明他们的掌握能力不够，有些是考生自己写的情况下，也就证明他们是有掌握能力的。
当然，对于网上考试系统来说，还有一些是通过随机发题的形式来防作弊，因为所谓的作弊是考生知道是什么题了，有些之前考过的，就会通过抄题来向后面的考生进行作弊，其实现在的这种作弊方式很简单，只要一个拍照就可以了，而通过这种随机发题就能很好的防止这一点。所以这也是一个监考的方式。
再有，就是通过硬件进行网上考试系统的监考，在考生使用这种系统之时，也会在他的电脑上进行相应的监控安装，也或者是连接其他的监控系统等等，这样就能通过考生的行为来进行判断，看其在考试中是不是有作弊的行为，而且在防作弊上，往往是把考生的行为和答题进行结合的，当一个考生的素质好，在监控之下都处于答题的状态，也就能在考试中加分，相反就会扣分，当考生了解了这种规则之后，就会自我约束不去作弊，所以这也是一种防作弊的方法。
